第88回全国高校野球選手権京都大会は、2006年７月15日、77校が参加して開幕した。西京極球場での開会式で、選手宣誓は、堀川高校の塩見真生主将が務めた。大会は、序盤戦が長雨に見舞われ、17、18、19日がまったく試合ができず、28日に予定していた決勝は、31日になった。

　まず、ベスト８入りをかけた４回戦までを振り返ろう。大会初日、１回戦で立命館と対戦したノーシードの鳥羽は５―６で迎えた９回、２点を奪い、７―６で逆転サヨナラ勝ちし、一気に今大会を盛り上げた。

　第２日では、春季京都府大会で優勝した京都成章が、１回戦で海洋に９―１でコールド勝ちし、順調なスタート。京都明徳は、４―１で嵯峨野に勝ち、創部５年目で初勝利を飾った。

　第５日、昨年大会で準優勝した乙訓が、これが初戦の２回戦で綾部に４―５でサヨナラ負けした。

　第６日は２回戦があり、西宇治―南陽は、６―６で迎えた９回、西宇治が１点を取ったが、その裏、南陽が２点を奪い、逆転サヨナラ勝ちした。園部は同志社に６―４で勝ち、６年ぶりで初戦を突破した。

　第７日も２回戦。センバツ出場の京都外大西はこの日が初戦で、東舞鶴に７―２で勝ち、無難なスタートとなった。昨年秋の京都府大会で優勝した平安も、宮津に10―０のコールド勝ちで初戦を乗り切った。

　第８日の３回戦では、京都すばるが立命館宇治に８―５で勝ち、旧校名の府立商から通算して19年ぶりの４回戦進出となった。

　京都すばるはさらに、第10日の４回戦で、峰山に15―５で勝ち、初めて準々決勝に進出した。同校の卯瀧副校長は、北嵯峨、鳥羽両校の監督として甲子園を経験した名指導者で、京都すばるのベンチに陣取っていた。また、第10日の西城陽は、シードの京都国際に延長10回、５―４でサヨナラ勝ちした。

　４回戦が続いた第11日、平安は、ノーシードの福知山成美に３―４で競り負け、姿を消した。平安は11年連続のベスト８進出を逃がした。